TODO: 
- uebl init wert parametrierbar
  uebl als loop?
- ban overlapping template partners von vornherein wenn gre nicht
  stimmen kann?


nach skim die kanten ausdnnen  A->B, A->C und B->C ... A->C lschen

debris handling

replace FUNCSTART with __PRETTY_FUNCTION__ (portability?)
use __builtin_prefetch (portability)

tags schneller machen: integer tag type und map in read?

alignment von Read::READTYPE_...consshred mit selben typ -> bmin ersetzen
durch festen wert (e.g.21 breit oder so) um massive oversamplingdaten zu

beschleunigen. -> gcc error on references?

Assemblyfehler bei repeat und 2 strains. siehe
wrongassembly_problem3reads2strains. Muss in Contig baselocks geregelt werden
(oder hnlich), checkADSForMismatch tut seinen Dienst.

markPossibleRepeats() berarbeiten, SNP analyse auf strains & sequenztyp

zwei verschiedene parametersets fr hybridassemblies, sonst gibt es ein
wenig murks bei sanger reads.

Megahubs in file?

read: changeQualityInSequence()?

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Doc options uptodate until 2.7.6 (except -SK:mhim and 454 options)



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erst gleiche templates zusammenassemblieren (bei >2)



option: tags in reads mappen auf consensus bei der ausgabe

contig
prfen, was bei PRMBs im backbone passiert (geladene PRMBs)

assembly
andere filetypen im backbone laden (fofnexp!)



permbanliste unbedingt um offset erweitern.



todo: NIcht geclippte mgliche Vectorleftovers merken, dann im contig
analysieren, evtl. spter rausclippen (wenn am Ende eines Contigs oder
wirklich als einziges drin)

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TODO: smooth consed: abi->phred->phd->ace


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